既然显微镜能够帮助我们去看一些肉眼所不能详细分辨的东西，那麼我们為什麼不善加利用它来帮助手术的进行呢?在显微镜下,我们可以更清楚地看到所要手术的部位，这样可以使我们可手术更為精确。换句话说，由於能够详细观察，因此手术时可以把肿瘤或坏死的组织清除的更乾净，同时也可以儘可能的把正常的组织保留下来，而减少手术的后遗症。
这样听起来，似乎很棒，好像只要使用了显微镜，什麼东西都可看得一清二楚，手术似乎可以随心所欲的轻易就完成。其实不然，伴随著显微镜的使用在手术上，许多问题接踵而至，例如:
1.显微镜不方便消毒与使用，因此需要用特别设计製造的手术用显微镜。
2.伴随著显微镜的放大作用，所使用的手术器械必须比平常使用的更為精巧，否则在显微镜各种平常使用的手术器械会显得臃肿不堪。
3.同样地在放大的作用下，在显微镜下手术的动作必须减小。更重要的是，在使用了显微镜后，手术犹如"以管窥豹"，局部的情形虽然可以因放大而观察的更详细，但是往往无法掌握全局。
也因此显微手术的发展，和显微镜之运用於生物学，组织学和病理学就相去甚远，直到1921年耐纶才报告了使用放大镜即显微镜於耳鼻喉科的手术，其后，於50年代有人开始用之於眼角膜的缝合，60年代初杰克森开使用之於微小血管的缝合，自此，显微手术也迈开了一大步。
虽然显微镜早在1921年就被利用於帮忙手术的进行，可是显微手术被广泛地运用，却只是近三十多年的事情而已。因為在六十年代以前，显微手术大多只用於使手术部位能够更仔细地被观察，也就是说：这一类的手术即使没有显微镜的帮忙在肉眼下大致也能完成。例如：耳鼻喉科的手术以及眼角膜的手术等。然而，六十年代以后，由於器械的进步以及显微手术实验室相继成立，显微手术开始突飞猛进，一些过去在肉眼底下，原本不可能吻合的小血管（直径2豪米以下）现在不但成為可能，而且还可保持血流通畅的流过吻合的部位。因此被截断的手指头（血液循环不良的手指）可以藉显微手术来吻合动、静脉，以重建其血液循环，而使截断后的手指读以存活并恢復功能。甚至任何被截断的组织，只要他人可保有可资运动的动静脉。就可经由显微手术重建其血液循环而得以存活下来。例如：鼻子、耳朵、头皮、音茎等，都有在接植成功的病例出现。
到了七十年代，显微手术更被运用於自由皮瓣转移的手术，也就是将已知动静脉所营养的范围内的组织（可以是皮瓣、肌皮瓣、肌肉瓣、肌肉骨骼瓣、骨骼瓣等），在好好保留其血管茎的情况下将皮瓣取下。转移到身体其他的部位接合其血管。如此则皮瓣可以存活於身体的其他部位。这一类的手术帮助了整形外科及骨科医师得以重建许多肢体，免除因组织缺损而必须被截断的命运。甚至对於丧失多隻指头的手，也可经由显微手术将脚指移到手上以重建手的功能。此外也使医师们在处理肿瘤等手术时可以放手去做，不必担心因為组织缺损过多以致伤口不能缝合等问题。同时於不同科别的各种应用方法也应运而生。例如：可从腹部截取一小断小肠移植到颈部来重建食道、结扎后的输精管或输卵管可以在吻合后恢復功能、将头皮的浅顳动脉吻合到中脑动脉来增加脑部的血液循环，防止因动脉硬化造成的脑梗塞等。
在二十世纪末，由於我们对免疫系统的进一步的瞭解与控制，人类肢体的异体移植已有成功的病例报告。但是由於移植后需要抗排斥药物来控制。而抗排斥药物的使用，多少会影响病患的抵抗力，因此為了肢体的缺损而冒生命危险是否值得则尚有争议。
至於断指再接植的运用，则显微手术已从三十年前实验性手术的阶段，迈入為断指的主要手术方式了。虽然有许多肢体或手指经显微手术被保留而不必截除，但是使用显微手术来接合截断的肢体并不是万能的，也就是说它仍有些极限无法突破。也就是前面提到的医师可经由显微手术使没有血液循环的组织从新建立血液循环而得以存活下来（例如：利刃截断的手指）。但是如果组织已受到伤害（例如：压碎的手指）则即使你勉强接合了小血管，其组织仍不一定能存活。
以下我们针对断指受到伤害的处理分受伤当场、术前、手术及术后照顾分向叙述：
(1) 受伤当场：
对受伤的伤口可能会流血，一般只要抬高受伤部位再加以局部压迫即可止血，止血带非不得已尽量避免。此外局部压迫宜使用食盐水纱布，避免受伤伤口因乾燥导致更多细胞死亡。另截断的肢体，宜以食盐水纱布包裹置一塑胶袋中，再以另一塑胶袋内至冰块来冰存断指或断肢。主要在避免直接将断指泡在水中，此时因渗透压的关係会导致断指浮肿同时细胞也可能因此而被破坏。
(2)术前準备：
於医院的急诊处，可将断指交给医护人员用食盐水纱布包裹后至冰箱下层（非冷冻层）。一般而言，病史对医师相当有参考价值，手部X光检查是必要的，截断部位於照X光时一併检查也是有必要的（尤其在机器伤害或压碎伤时，当然利刃切下的是例外），当然此时如果伤口持续流血，则主要人仍以抬高患肢及局部压迫止血。非不得已不用止血带或用蚊钳夹血管。
由於显微手术时期不短，因此需要麻醉（可以使用全身麻醉或神经传导阻断麻醉）至於手术的急迫性则视截断部位而定，一般手指的截断没有冰存可以忍受30小时以上的缺血时间，有冰存甚至可以忍受到90小时以上的缺血时间，但是如果截断部位含有大量肌肉（肌肉是手部组织中对缺血忍受度最差的组织，和皮肤、骨骼、肌腱及神经等的比较），则只能忍受约6到8小时的缺血时间，即使有冰存也只能延长到约10到12小时左右。
(3)手术：
用於血管接合时需要将压碎部分修整，因此一般断指再接植皆需修短骨头，於利用伤害时约修剪半公分，而压碎伤时甚至需修剪一公分或更多。至於在前臂部分的再接植甚至需要修剪到五公分。当然為了手部功能的恢復，除了利用显微手术接合动静脉让肢体存活外，所有受伤的组织从内到外含骨骼、关节、屈肌腱、伸肌腱、掌内肌腱、神经及皮肤等，均需修补才会有较好的功能恢復。单纯的显微手术只能使肢体存活，但此存活的肢体没有其他构造的恢復仍不会有功能。
(4)术后照顾：
由於断指再接植所处理的血管直径约在一毫米左右，因此手术需要注射或服用抗血栓的药物防止血栓塞住接合的部位。血栓是人体的保护机构，我们需要抽血检查肝、肾功能而抽血后的针孔即由血栓凝聚来止住流血。受伤后的血管壁一样会活化血液凝固的机转，而导致血栓塞住血管接合处。一般而言，血管接合处会在两週内修补完成，因此我们一般也会让病患瞭解接合后的手指随时有可能因血管栓塞导致指头血循环不良，但如果能维持两週未栓塞，则再发生血栓的机会就很少了，也就是断指再接植后能否存活的观察期，我们放在两週。
此外正常的血管会因周遭环境的温度做收缩或鬆弛的反应来调节体温。太冷的环境温度会使表面血管收缩以保持体温，因此接植后的手指比较害怕低的环境温度。一毫米的血管收缩后口径更小也更容易导致栓塞。因此术后我们希望手指週遭的空气不要太冷而会使用烤灯。但也要小心烤灯的使用，避免烫伤再接植的手指。
手指再接植的成功率於利刃截断的情况下可达九成，而压碎伤截断时稍低。最后我们也要强调术后復健的重要性，由於手指单一构造的受伤都可能造成功能恢復不良。而断指再接植是多种构造的同时伤害，因此常不易有好的功能恢復，同时疤痕含皮肤肌腱等的软化，需要六个月的时间，因此有时復健工作需长达半年。（当然时间长短和病患的年纪、受伤情况等很多因素都有关）。而理想的功能恢復是需要病患及医师、復健师等医疗团队的合作才有可能达成。
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